Una vez que tenemos el metóxido y el aceite caliente se mezclan lo mejor posible siendo cuidadosos de no producir salpicaduras, se mezclan por una hora como mínimo y luego se deja reposar por cuatro horas o mejor aun, toda la noche, si todo fue medido correctamente se obtendrá la separación que buscamos.

Luego debemos drenar la glicerina y proceder al lavado del biodiesel, este lavado se hace simplemente con agua, se agrega aprox. 1/3 del volumen de agua y se mezcla bien o se aplican burbujas, se deja reposar nuevamente hasta que el agua se separe del biodiesel y se drena, es necesario repetir este proceso dos o tres veces a fin de limpiar  bien el producto final de todos los residuos de jabón o soda cáustica.

El resultado final es 100% biodiesel que podemos usar directamente en nuestro motor diesel, siempre que este no tenga mangueras de hule natural ya que el biodiesel disuelve este material.

La glicerina subproducto de la fabricación, contiene metanol que puede recuperarse y reutilizarse, la glicerina refinada tiene también varios usos, puede utilizarse para producir jabón por ejemplo.

Para asegurar un producto de calidad (y también para usos comerciales) el biodiesel debe cumplir con estándares internacionales como el ASTM D6751 para Estados Unidos o el EN 14214 en Europa, estos estándares especifican las cualidades que debe tener el biodiesel como punto de inflamabilidad, viscosidad, contenido de metanol, contenido de agua, etc.

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